Rosberg kontrolował sytuację od startu. Zdecydowanie gorzej spisał się Hamilton, który wystartował tak źle z drugiego pola, że po pierwszym zakręcie znalazł się na 8. miejsce. Na pocieszenie Hamiltonowi zostało setne podium w karierze.

Na koniec wyścigu przed Hamiltonem oprócz Rosberga znalazł się jeszcze świetnie dysponowany Max Verstappen. Hamilton próbował zaatakować w końcówce wyścigu zawodnika Red Bulla, ale zakończył manewr wypadem poza tor. Wyniki kierowców Mercedesa zapewniły zespołowi kolejne mistrzostwo konstruktorów.

Vettel finiszował jako czwarty, na piątej pozycji uplasował się Raikkonen, który tuż przed wyścigiem został cofnięty z trzeciego na ósme pole startowe w wyniku kary za nieregulaminową wymianę skrzyni biegów. Na szóstej pozycji znalazł się Daniel Ricciardo.

Formuła 1 - sezon 2016 - GP Japonii - wyścig
	Kierowca	Zespół	Strata
1.	Nico Rosberg	Mercedes	53 okrążenia
2.	Max Verstappen	Red Bull	+4,978 sek.
3.	Lewis Hamilton	Mercedes	+5,776 sek.
4.	Sebastian Vettel	Ferrari	+20,269 sek.
5.	Kimi Raikkonen	Ferrari	+28,370 sek.
6.	Daniel Ricciardo	Red Bull	+33,941 sek.
7.	Sergio Perez	Force India	+57,495 sek.
8.	Nico Hulkenberg	Force India	+59,177 sek.
9.	Felipe Massa	Williams	+97,763 sek.
10.	Valtteri Bottas	Williams	+98,323 sek.
11.	Romain Grosjean	Haas	+99,254 sek.
12.	Jolyon Palmer	Renault	+1 okr.
13.	Daniił Kwiat	Toro Rosso	+1 okr.
14.	Kevin Magnussen	Renault	+1 okr.
15.	Marcus Ericsson	Sauber	+1 okr.
16.	Fernando Alonso	McLaren-Honda	+1 okr.
17.	Carlos Sainz Jr	Toro Rosso	+1 okr.
18.	Jenson Button	McLaren-Honda	+1 okr.
19.	Felipe Nasr	Sauber	+1 okr.
20.	Esteban Gutierrez	Haas	+1 okr.
21.	Esteban Ocon	Manor	+1 okr.
22.	Pascal Wehrlein	Manor	+1 okr.